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What is the difference between GENCODE GTF and Ensembl GTF? project or 3-way-consensus pseudogenes (predicted by Havana, Yale and UCSC).

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当然你可以自己编程从上面的文件提取，但似乎还是挺烦，所以UCSC提供了相应的工具genePredToGtf. 1. 下载. UCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 注释文件下载（默认gtf，大部分比对软件输入格式）：. FTP地址为：  首先下载gtf文件，这里我们引用的是Ensembl的文件enensembl gtf文件下载这里面 UCSC Gene ID Converter This tool convert UCSC gene IDs to refSeq IDs,  UCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 下载同一版本的fasta和gtf文件保险考虑，不要使用一些比对工具建立好  从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件0.

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Hope this detail will give you clear idea of how to get the files. But yeah if you want to extract the sequence based on the GTF, I could suggest you to use RefSeq.fasta or cDNA.fasta so that you can able to co-relate the files based on your GTF. Hope this GTF GFF3: Consensus pseudogenes predicted by the Yale and UCSC pipelines: CHR: 2-way consensus (retrotransposed) pseudogenes predicted by the Yale and UCSC pipelines, but not by HAVANA, on the reference chromosomes; This dataset does not form part of the main annotation file; GTF GFF3: Predicted tRNA genes : CHR 当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准： 根据所使用的软件的不同， feature types 是必须注明的。 第9列必须以 gene_id 以及 transcript_id 开头 GTF文件的第9列同GFF文件不同，虽然同样是标签与值配对的情况，但标签与值之间以空格分开，且每个特征 GTF: PolyA feature annotation: CHR: It contains the polyA features (polyA_signal, polyA_site, pseudo_polyA) manually annotated by HAVANA on the reference chromosomes; This dataset does not form part of the main annotation file; GTF: Consensus pseudogenes predicted by the Yale and UCSC pipelines: CHR Select the following options: clade: Mammal genome: Human assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19) group: Genes and Gene Predictions track: UCSC Genes table: knownGene region: Select "genome" for the entire genome. output format: GTF - gene transfer format output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser 3. UCSC keeps gene structures in a text format with all information about a gene in one line: GenePred format. Convert genePred to GTF with the genePredToGtf kent command utility.. At this time, genePredToGtf provides better GTF files than available from the table browser.

RNA-seq pipeline: Hisat2 Htseq HISAT2, StringTie, Ballgown

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/ANNOTATION_RELEASE.109/GFF/ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz (hg38) wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ref_GRCh37.p5_top_level.gff3.gz (hg19) NCBI，Ensembl，UCSC 基因组版本对应关系 GTF格式的refGene如何在Ensembl及UCSC下载_Mars-Zhan_新浪博客,Mars-Zhan, 注释文件下载（默认gtf，大部分比对软件输入格式）： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/ 3.UCSC. 参考序列下载很简单（尤其是人） 进入官网：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html，下载对应的各个版本 在UCSC下载hg19参考基因组，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。 参考基因组的选择 output format: GTF - gene transfer format. output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser.

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用UCSC table browser下载的gtf版本的RefSeq，没有转录本和基因之间的关系，也 UCSC table browser下载的refGene的gtf，这个文件不对的地方是gene id  NCBI UCSC ENSEMBL数据库对应关系 进入下载hg38GTF注释文件 nohup wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/  从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构， 下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构; 5. 生物信息学数据库资源收集存储单位，即NCBI，UCSC及ENSEMBL各自发布的基因组信息而已。 目标在UCSC下载hg19参考基因组，群主博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，例如TP53 还可以下载ENSEMBL，NCBI的GTF，也导入IGV看看，截图基因结构。 在生物信息分析过程中，有时会需要fasta、GTF或BED等格式的数据文件，而UCSC是这些文件的主要下载来源之一。本文主要以人的基因组信息  UCSC进入UCSC官网下载页面》拉到Dec.

从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口，支持多种格式的下载， UCSC是生物领域里常用的数据库之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护，主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息。U UCSC下载基因组注释文件比较麻烦，没有直接的FTP下载链接,有两种方式可以下载. 第一种方法,界面版; 这种方式得到的GTF文件只有gene_id和transcript_id，而没有其他信息,如:基因名，外显子。 登陆Ensembl网站，并跳转到hg19版本界面 （图3.2-1） 2.

The directory "genes/" contains GTF/GFF files for the main gene transcript sets. Utilities can be found in the following directory: http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/ An example command is as follows: genePredToGtf -utr hg38 ncbiRefSeq hg38.ncbiRefSeq.gtf Additional Resources ^^^^^ Information on GTF format and how it is related to GFF format: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format4 Information about the different gene models available in the Genome Browser: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQgenes.html More information on how the files were generated GTF format. GTF (Gene Transfer Format, GTF2.2) is an extension to, and backward compatible with, GFF2. The first eight GTF fields are the same as GFF. The feature field is the same as GFF, with the exception that it also includes the following optional values: 5UTR, 3UTR, inter, inter_CNS, and intron_CNS. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to the directory goldenPath/hg19/database/. To download multiple files, use the "mget" command: mget - or - mget -a (to download all the files in the directory) Alternate methods to ftp access.

UCSC的使用方法（一） - 搜狐

参考：. 简介RefGene数据库是从UCSC数据库创建而来。 人类蛋白质编码和非蛋白质编码的基因，用于注释变异基因。hg19 RefGene 下载 refGene文件解析 转录本的ID，即mRNA或lncRNA的ID（通常来自于GTF中的转录本ID）. 在生物信息分析过程中，有时会需要fasta、GTF或BED等格式的数据文件，而UCSC是这些文件的主要下载来源之一。本文主要以人的基因组信息为例讲述如何  转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细 从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构， 还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。 另一种是下载基因注释文件到IGV基因可视化软件里面，可以调整的东西更多并… 我们这里教大家采用两种方法进行基因转录示意图的查找，一种是直接在UCSC里面 点击后就可以完成下载，下载的是gtf文件的压缩包，gtf，gtf3 都是基因注释  最常用的工具是UCSC的LiftOver，如果你所研究的物种刚好是LiftOver支持的 的物种，那很幸运，可以直接使用其在线工具，或者下载chain文件后， 利用该文件，就可以使用CrossMap对bed/gtf/gff/bam/vcf等文件中的参考  在这里，我们介绍UCSC浏览器中实现可视化的过程，可以在参考 GFF, GTF,MAF, narrowPeak, Personal Genome SNP, PSL, 或WIG等文件格式 chrom.sizes染色体信息下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/. 下载一个gtf 文件（已压缩）. 1） 下载方法1： 如果你使用我们准备好的docker 容器(container)（见Getting Started), 里面已经下载好了一个yeast基因组注释（gtf）  samtools将sam文件转成bam，并且排序，为下游分析做准备 1.2 注释文件：下载自ensemble数据库ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-86/gtf/homo_sapiens hisat2-2.0.0-beta/hisat2-build -f ucsc.hg19.fasta –ss splicesites.txt  如何从UCSC数据库中得到GTF注释文件. 我来答新人答题领红包. 首页 · 在问.

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables. 第一行  基因注释 GTF 文件在分析转录组数据时会用到，也从这获取， GTF 文件 和GTF文件中染色体的名字都没有添加 chr ，最好收到添加，以保持与 UCSC 具体使用如下，下载基因相关信息，首先选择 Ensembl Genes 89 数据集. UCSC下载基因组注释文件比较麻烦，没有直接的FTP下载链接,有两种方式可以下载. 第一种方法,界面版.

Table Browser提供了一个检索和下载的入口，支持多种格式的下载，下载gtf文件只是其中一个功能，网址如下. http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 15/10/2014 下载基因组注释gtf文件 和 下载 参考 基因组 序列 对NCBI： wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ GFF /ref_GRCh38.p7_top_level. gff 3.gz ## hg38 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARC. gff文件 用什么打开_ GFF 3格式 文件. weixin_39868414的博客. 这里的文件夹名为物种的拉丁名，这里以 Human (Homo_sapiens) 为例，下载方法如下：. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/ANNOTATION_RELEASE.109/GFF/ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz (hg38) wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ref_GRCh37.p5_top_level.gff3.gz (hg19) NCBI，Ensembl，UCSC … 注释文件下载（默认gtf，大部分比对软件输入格式）： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/ 3.UCSC.